Zginął na wysokości 8300 metrów 24 października 1989 podczas wejścia na Lhotse nową drogą przez słynną, niezdobytą wówczas południową ścianę. Szczyt atakował wspólnie z Ryszardem Pawłowskim. Kukuczka wspinał się jako pierwszy i tuż przed granią szczytową odpadł. Lina, nie wytrzymując obciążenia, pękła, a wspinacz spadł w dwukilometrową przepaść. Ciała Kukuczki nigdy nie odnaleziono, ale oficjalna wersja brzmiała, że Kukuczkę pochowano w lodowej szczelinie, nieopodal miejsca upadku. Taki krok był podyktowany wymaganiem odnalezienia ciała do wypłaty odszkodowania dla rodziny zmarłego.
Jerzy Kukuczka miał żonę Cecylię Ogrodzińską oraz dwóch synów: Macieja i Wojciecha. Młodszy z jego synów, Wojciech, zdobył Mount Everest.
Najważniejsze osiągnięcia zdobycie Korony Himalajów i Karakorum (w ciągu zaledwie ośmiu lat: 1979-1987) jako drugi człowiek na świecie (po Reinholdzie Messnerze) wytyczenie jedenastu nowych dróg na zdobytych ośmiotysięcznikach (do chwili obecnej niepobity rekord, droga na K2 nigdy nie została powtórzona) siedem wejść na ośmiotysięczniki w stylu alpejskim (w tym na K2) jako jedyny człowiek na świecie zdobył dwa ośmiotysięczniki w ciągu jednej zimy zdobycie czterech ośmiotysięczników zimą, w tym trzech po raz pierwszy w historii: Dhaulagiri I, Kangchendzonga, Annapurna (na Czo Oju wszedł razem z Zygmuntem