Rozróżnia się kolonoskopię diagnostyczną i kolonoskopię terapeutyczną. Kolonoskopia, ze względu na swoją dostępność i coraz bardziej zaawansowane techniki, jest kluczową procedurą do wykrywania i usuwania zmian przednowotworowych w okrężnicy oraz dolnym odcinku jelita krętego. Trwają poszukiwania parametrów antropologicznych pacjentów mających wskazać na możliwe utrudnienia wykonania badania kolonoskopowego u danej osoby, zarówno u dzieci, jak i dorosłych.
Wskazania do kolonoskopii diagnostycznej Najczęściej są nimi: podejrzenie raka jelita grubego biegunka o niejasnej etiologii podejrzenie nieswoistego zapalenia jelit (choroba Leśniowskiego-Crohna, wrzodziejące zapalenie jelita grubego) podejrzenie zaburzeń wchłaniania badania przesiewowe w zdrowej populacji w kierunku polipów i wczesnych postaci raka jelita grubego Alternatywą klasycznej kolonoskopii diagnostycznej jest nieinwazyjna wirtualna kolonoskopia.
Kolonoskopia terapeutyczna Najczęściej są nimi: usuwanie polipów hamowanie krwawień z dolnego odcinka przewodu pokarmowego usuwanie ciał obcych poszerzanie zwężeń dekompresja megacolon toxicum