Na początku 1943 roku ukończono prace nad trzecim prototypem, Me 261V3, oznaczonym kodem BJ+CR. Od dwóch wcześniejszych różnił się silnikami Daimler Benz DB 610A-1/B-1 oraz miejscem dla dwóch dodatkowych członków załogi. Tak przekonstruowaną maszyną pilot Karl Baur 16 kwietnia 1943 roku pokonał 4473 km w ciągu 10 godzin. Przy lądowaniu podwozie złożyło się i samolot został lekko uszkodzony. Po dokonaniu niezbędnych napraw samolot został przekazany w maju 1943 do Aufklärungsgruppe O.b.d.L, stacjonującej w Oranienburgu.
Opis techniczny Dwusilnikowy samolot rekordowy i rozpoznawczy w układzie dolnopłatu. Kadłub o przekroju owalnym i konstrukcji skorupowej. kabina zakryta z miejscami załogi w układzie tandemowym. Skrzydło czteroczęściowe, w centralnych częściach mieściły się zbiorniki paliwa. Wyposażone w dwuczęściowe klapy oraz jednczęściowe lotki. podwozie chowane w locie w gondole silnika po obrocie o 90°, kółko ogonowe chowane w końcową część kadłuba. stateczniki pionowe zdwojone, ster wysokości jednoczęściowy. Napęd stanowiły dwa silniki Daimler-Benz DB 610A-1/B-1 chodzone cieczą, chłodnice umieszczone na krawędzi natarcia skrzydła. Chłodnica oleju pod gondolami silników.