Lata 80. W latach 80. aktywność nagraniowa Koopera osłabła, choć występował z Dylanem, Tomem Petty i Joe Walshem, a także komponował ścieżki dźwiękowe do produkcji telewizyjnych i filmów, w tym do serialu Crime Story.
Lata 90. W latach 90., po ponad 20-letniej przerwie, nagrał instrumentalny album ReKooperation, wydany przez wytwórnię MusicMasters. Wystąpił również w kilku koncertach głównych członków oryginalnego składu Blood, Sweat and Tears. Jesienią 1997 roku rozpoczął pracę jako wykładowca w Berklee College of Music.
XXI w. W 2001 roku wytwórnia Sony/Legacy Recordings wydała dwupłytowy box set Koopera, Rare & Well Don. Na pierwszej płycie CD znalazły się najpopularniejsze utworami artysty, po raz pierwszy zremasterowane w formacie 24-bitowym pod jego nadzorem. Na drugiej płycie CD zawarto zbiór osiemnastu niewydanych wcześniej utworów, nagranych przez Koopera począwszy od 1964 roku, w tym także jego pierwszy solowy singiel z 1965 roku.