Zespół dzięki uznanym przez krytyków płytom oraz występom na żywo przyczynił się do spopularyzowania brzmienia miejskiego bluesa lat 60., którego przykładem stały się takie utwory jak: „Two Trains Running”, „I Can't Keep From Cryin' Sometimes”, „Flute Thing” i „Violets Of Dawn”.

Po odejściu z The Blues Project założył jazz-rockowy zespół Blood, Sweat & Tears, który po podpisaniu kontraktu z Columbia Records pod koniec 1967 roku wydał w roku następnym swój debiutancki album, Child Is Father to the Man, składający się niemal w całości z piosenek autorstwa Koopera. Później, na skutek tarć personalnych w zespole i nacisków ze strony wytwórni, która chciała bardziej komercyjnego brzmienia, Kooper odszedł z zespołu. Powrócił do gry jako muzyk sesyjny pojawiając się na płytach Jimiego Hendrixa, The Who i The Rolling Stones (piosenka „You Can't Always Get What You Want”). Dostał też pracę w Columbia Records jako producent muzyczny. Wyprodukował pierwszym oficjalny album koncertowy duetu Simon & Garfunkel.