W 1944 roku Krzeszowska, jako „Zofia”, została szefową WSK w Sztabie Okręgu Pomorskiego AK. Funkcję referentki WSK w Toruniu przejęła Zofia Stanikiewicz ps. „Stanisława”. Krzeszowska dzięki aktywności i zdolnością organizacyjnym zdołała utworzyć w sztabach poszczególnych inspektoratów i obwodów sieci referentek, które prowadziły działalność konspiracyjną w pięciu działach: sanitarnym, wywiadu, łączności, opieki społecznej i kwatermistrzowsko-gospodarczym. Pracą kierowała przy pomocy łączniczek i kurierek. Decyzja ta była podyktowana tym, że częste podróże inspekcyjne mogłyby doprowadzić do ujawnienia działalności konspiracyjnej Krzeszowskiej i utraty kwatery przy ul. Warszawskiej 8.
W 1944 roku jako szefowa WSK Okręgu Pomorze Armii Krajowej uzyskała stopień kapitana.
W drugiej połowie 1944 roku w obozie pod Grudziądzem zorganizowała akcję pomocy żywnościowej dla powstańców warszawskich. Po upadku powstania jednym z jej nowych zadań było prowadzenie działań propagandowych, podnoszących morale żołnierzy.