Uroczystej konsekracji świątyni dokonał biskup poznański Mikołaj Święcicki 28 października 1701 roku. Szczególną misją pełnioną przez warszawskich karmelitów było kierownictwo duchowe wobec członków dworu królewskiego. W 1794 roku klasztor został przeznaczony na koszary wojskowe. W 1864 roku władze carskie kasują konwent "za jawny i udowodniony udział w buntowniczych działaniach przeciwko rządowy". Obecnie kościół służy Wyższemu Metropolitalnemu Seminarium Duchownemu. Do stolicy karmelici wracają w 1944 roku. Początkowo zamieszkują dom przy ulicy Czeczota 29, który w czasie powstania warszawskiego ulega zniszczeniu. Po wojnie otrzymują przydział na zamieszkanie w posesji przy ul. Ursynowskiej 52. Ostatecznie w 1947 roku zamieszkują zabudowania przy ul. Racławickiej 31, który remontują i dostosowują do wymogów życia klasztornego. W 2017 roku karmelici otrzymują w zarząd parafię przy kościele pw. Świętej Trójcy w Warszawie i fundują drugą wspólnotę w stolicy.