Pomimo przeciwności wspólnota wciąż się rozrastała, a klasztor stanowił istotny punkt na mapie religijnej Poznania.
Na skutek rozbiorów Polski władze pruskie rozpoczęły działania ograniczające funkcjonowanie Kościoła katolickiego w Polsce. Zakazano wówczas m.in. przyjmowania nowych kandydatów do zakonów. Bezprawnie konfiskowano również mienie zakonne. Ostatecznie poznański karmel został skasowany w 1823 roku. Sześć ostatnich sióstr wywieziono do klasztoru cysterek w Owińskach. Kościół przekazano braciom czeskich, a zabudowania klasztorne przekształcono w szkołę (stąd obecna nazwa ulicy). W połowie XIX wieku kościół i część byłego klasztoru rozebrano, pozostałą zaś przeznaczono pod działalność szpitala miejskiego (istniejącego do 2017 roku).
Pragnienie obecności karmelitanek w Poznaniu było wciąż żywe wśród mieszkańców miasta, zwłaszcza w kręgach ziemiańskich i duchownych. Konstytucja państwa pruskiego z 1867 roku pozwalała na zakładanie nowych klasztorów. Korzystając z okazji do Poznania sprowadzono w tym samym roku osiem sióstr, głównie z Belgii i Francji. Zamieszkały one w domu na Ostrowie Tumskim, a krótko potem w nowo wybudowanym klasztorze wraz z kaplicą przy ul. Wieżowej. Do zakonu zaczęły wstępować Polki. Sytuacja poczęła zmieniać się diametralnie na skutek antypolskiej i antykościelnej polityki Kulturkampfu.