W dalszej części badacz, a wraz z nim czytelnik, powoli przedzierają się przez gąszcz niezwykłych opowieści, które podważają ludzką wiedzę o świecie. Wedle nich poza ludźmi istnieją olbrzymie siły, których się nie da opanować. Jedną z nich jest tajemniczy Cthulhu, spoczywający ponoć we śnie w kamiennej krypcie w zatopionym mieście R’lyeh. O tym mieście pisze naukowiec: „(...) ociekające wodą miasto Cyklopów zbudowane z oślizgłego zielonego kamienia − którego wymiary geometryczne, jak Wilcox dość osobliwie zaznaczył, były nieprawidłowe − i słyszałem w przerażającym oczekiwaniu nieustanne, półprzytomne wołanie z podziemi: „Cthulhu fhtagn”, „Cthulhu fhtagn (...)”.
Kulminacyjna część opowiadania opisuje tajemniczy rejs szkunera „Emma”. Wraz z jego załogą czytelnik przenosi się w samo serce grobowca Cthulhu.
Zew Cthulhu jest najsłynniejszym i jednym z najważniejszych opowiadań Lovecrafta, głównie ze względu na to, że opisał w nim podstawowe elementy świata, który dosyć konsekwentnie (poza wyjątkami) tworzył. W utworze pokazuje zło, które tylko czeka na dogodny układ planet, aby odzyskać władzę nad światem. Badacz utracił zdrowie psychiczne od samych domysłów na temat zatopionego, mulistego miasta i jego władcy.