Władze tureckie nie zgodziły się jednak na jego wyjazd do Bitoli, gdyż w mieście funkcjonowała już eparchia Patriarchatu Konstantynopolitańskiego, a jego hierarchowie nie zgodzili się na to, by równolegle zaistniała struktura przeznaczona dla prawosławnych Bułgarów i Macedończyków.
W 1874 r. Eustacjusz otrzymał nową nominację, na metropolitę niszawskiego z katedrą w Pirocie. Miejscowi wierni prawosławni byli podzieleni na Serbów i Bułgarów, każda grupa opowiadała się za wcieleniem miasta do własnego państwa narodowego, a także do odpowiedniego autokefalicznego Kościoła prawosławnego. Pirot na mocy pokoju w San Stefano powinien znaleźć się w granicach Księstwa Bułgarii, jednak w 1877 r. wkroczyły do niego wojska serbskie. Metropolita Eustacjusz natychmiast znalazł się w konflikcie z nową serbską administracją, domagając się przekazania miasta Bułgarii. Pisał do tymczasowych przedstawicieli władz rosyjskich w Bułgarii z prośbą o interwencję. Starał się również wykorzeniać typowo serbskie obyczaje liturgiczne i paraliturgiczne, w tym zwyczaj świętowania slavy. Wiosną 1878 r. został aresztowany i odesłany do Kragujevca. Odzyskał wolność dzięki pośrednictwu Rosji. Kongres berliński przyznał Pirot i Niš Serbii. Wówczas Eustacjusz odszedł z katedry.