Pod Dowództwo nie podlegały rozwinięte w rejonie Morza Śródziemnego siły morskie Wielkiej Brytanii, których zasadniczym celem była ochrona interesów brytyjskiego imperium.
W tym czasie Wielka Brytania prezentowała odmienne stanowisko dotyczące organizacji sił morskich w rejonie Morza Śródziemnego, w tym sposobu obsadzania w nich najwyższych stanowisk. Po przegranej rywalizacji co do obsadzenia stanowiska dowódcy AFSOUTH, usilnie domagała się utworzenia niezależnego Dowództwa Sił Morskich w rejonie Morza Śródziemnego, aby móc obsadzić go swoim admirałem. W marcu 1953 na Malcie utworzono nowe dowództwo – Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Morza Śródziemnego AFMED. Spowodowało to rozwiązanie istniejącego już w strukturze dowódcy Południowego TDW Dowództwa Sił Morskich NAVSOUTH, a podległe mu siły podporządkowano dowódcy AFMED. W połowie lat 60. XX w. nastąpiły dalsze zmiany w strukturach dowództw rejonu Morza Śródziemnego. W 1964 Malta uzyskała niepodległość, co spowodowało potrzebę przeniesienia Dowództwa Morza Śródziemnego AFMED do nowego garnizonu. W 1966 ze struktur wojskowych NATO wyszła Francja, a w 1967 z rejonu Morza Śródziemnego wycofano brytyjskie siły morskie.