Pod amerykańskim dowództwem, wspomaganym przez podległe mu dowództwo w Salonikach, pozostawały komponenty siły zbrojnych Grecji i Turcji.
W 1999 Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Południowej AFSOUTH przekształcone zostało w Regionalne Dowództwo RC SOUTH, stacjonujące nadal w Neapolu.
15 marca 2004 rozwiązano Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Południowej AFSOUTH i utworzono Allied Joint Force Command Headquarters Naples JFC HQ NAPLES. Nowo powstałe dowództwo weszło w skład Dowództwa Sił Sojuszniczych NATO ds. Operacji ACO.
Struktura AFSOUTH W 1989 Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Południowej AFSOUTH – Neapol (Włochy) Dowództwo Połączonych Sił Lądowych Europy Południowej LANDSOUTH – Werona (Włochy) Dowództwo Połączonych Sił Lądowych Europy Południowo-Wschodniej LANDSOUTHEAST – Izmir (Turcja) Dowództwo Połączonych Sił Morskich Europy Południowej NAVSOUTH – Neapol Dowództwo Połączonych Sił Powietrznych Europy Południowej AIRSOUTH – Neapol 5 Połączone Taktyczne Siły Powietrzne – Vicenza (Włochy) 6 Połączone Taktyczne Siły Powietrzne – Izmir (Turcja)