autor przerabiał również starsze kazania. Całość Joannicjusz poprzedził traktatem Nauka albo sposób układania kazania, który był pierwszym we wschodniosłowiańskim prawosławiu wykładem pisania homilii. Traktat ten w kolejnych wydaniach również był rozbudowywany – w pierwszym wydaniu Joannicjusz tłumaczył, jak układać kazania na święta ku czci Chrystusa i Matki Bożej, następnie dodał objaśnienia dotyczące pisania kazań na niedziele zwykłe, poświęconych świętym i na pogrzeby. W Kluczu rozumienia Joannicjusz zawarł również – w rozproszonych fragmentach – wykład teologii maryjnejM. Kuczyńska, Joanicjusz..., s. 102–104.
Znaczne miejsce w dorobku Joannicjusza zajmują traktaty wymierzone w innowierców: katolików, muzułmanów i żydów. W 1669 r. Joannicjusz wydał w Kijowie Mesjasza prawdziwego, uderzającego w sabataizm. W 1676 r. wydał rozprawę przeciwko Filioque – Stary kościół zachodni nowemu kościołowi rzymskiemu pochodzenie Ducha Świętego od Oyca Samego nie od Syna pokazuje. Trzy lata później w Nowogrodzie Siewierskim opublikowany został jego Łabędź z piórami swymi, stanowiący wezwanie do walki z Turkami. W 1681 r. wydał Alphabetum rozmaitym heretykom niewiernym, dla ich nauczenia i nawrócenia, zaś dwa lata później antyunicki traktat Fundamenta, na których łacinnicy jedność Rusi z Rzymem fundują. W 1686 r.