Koryta Prypeci i Stochodu charakteryzują się niewielkim spadkiem, licznymi meandrami i rozgałęzieniami, wzdłuż nich znajdują się również podmokłe terasy zalewowe, a w okresach roztopów – rozlewiska.
W Parku Narodowym „Prypeć-Stochód” znajduje się pięć jezior, spośród których największym jest jezioro Biłe o charakterze polodowcowym, natomiast jeziora Lubjaź, Rohizne, Dobre i Bereżnowilśke to jeziora zalewowe.
Flora thumb|left|Teren bagienny w południowej części Parku, koło Lubieszowa (2017) Na obszarze Parku stwierdzono występowanie 857 gatunków roślin naczyniowych, 115 gatunków mszaków, 348 gatunków glonów i 436 gatunków grzybów. W szacie roślinnej parku z racji jego specyfiki dominują rośliny wodne takie jak grążel żółty czy oczeret jeziorny, kanały często porastane są przez rdestnicę, rzęsę drobną i spirodelę, brzegi – przez jeżogłówkę, pałkę i żabiściek, a na powierzchni jezior unoszą się grzybienie białe. W lasach dominują bory sosnowe i olsy, a roślinność krzewiastą stanowią zarośla wierzby szarej i purpurowej na bagnach. Łąki porasta głównie turzyca oraz pięciornik gęsi (w dolinach rzecznych i wokół jezior) oraz śmiałek darniowy (na wyniesieniach terenu). Na torfowiskach rośnie trzcina, mozga i manna mielec.