Życiorys Marcin Kromer urodził się w spolonizowanej rodzinie mieszczanina Grzegorza i szlachcianki Agnieszki z Czermińskich. Ukończył szkołę parafialną w Bieczu, a następnie studiował w Akademii Krakowskiej (1528–1530). Po uzyskaniu tytułu bakałarza pozostał w Krakowie. W latach 1533–1537 pracował w kancelarii królewskiej. W latach 1537–1539 studiował we Włoszech: w Padwie i Bolonii. W roku 1540 wrócił do Polski jako doktor obojga praw, by zostać sekretarzem arcybiskupa krakowskiego Piotra Gamrata. W 1542 roku przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1543–1544 pełnił funkcję posła arcybiskupa do Rzymu, w 1544 roku otrzymał kanonię krakowską.
W 1544 roku został sekretarzem królewskim Zygmunta I Starego i bliskim współpracownikiem podkanclerzego (i późniejszego kanclerza wielkiego koronnego) Samuela Maciejowskiego. Zajmował się sprawami pruskimi i jako znawca tej prowincji otrzymał w 1551 roku kanonię warmińską. W 1552 roku za prace historyczne o Polsce otrzymał od króla nobilitację. W latach 1558–1564 był stałym posłem na dworze cesarza. W 1570 roku został mianowany koadiutorem biskupstwa warmińskiego zastępując kardynała Stanisława Hozjusza. W 1579 roku został biskupem diecezji warmińskiej, na jego zlecenie wykonane zostały pierwsze mapy Warmii. W dniu 18 marca 1583 roku zatwierdził pierwszą regułę Zgromadzeniu św.