Granice dzielnicy Dzielnica III Prądnik Czerwony zajmuje obszar ponad 6,4 km kw., czyli niecałe 2% powierzchni łącznej Krakowa. W skład Dzielnicy III Prądnik Czerwony weszły historyczne tereny przede wszystkim Prądnika Czerwonego, Olszy i Rakowic, ale także fragmenty Dąbia, Grzegórzek, Warszawskiego, Prądnika Białego i Górki Narodowej. Poza Dzielnicą pozostały natomiast fragmenty lub nawet spore części Olszy włączone do Dzielnicy II Grzegórzki oraz pól należących niegdyś do wsi Rakowice wraz z terenami dawnego lotniska Kraków-Rakowice-Czyżyny, a także Prądnika Czerwonego, które zostały one włączone do dzielnic, powstałych w miejsce zlikwidowanej w 1991 dzielnicy Nowa Huta – XIV Czyżyny i XV Mistrzejowice. Najbardziej rzucającymi się w oczy granicami Dzielnicy III – można byłoby napisać „naturalnymi”, choć stworzonymi przez człowieka – są linie kolejowe. Częściowo biegną po nasypach, częściowo w zagłębieniu terenu, ale wyznaczają jasne i czytelne granice z Dzielnicami I Stare Miasto, II Grzegórzki i IV Prądnik Biały.