Układ oddechowy W płucach jaszczurek nie ma oskrzelików. Zamiast tego oskrzela otwierają się bezpośrednio do jamy płuca pokrytej wewnętrznymi fałdami zaopatrzonymi w liczne woreczki zwiększające powierzchnię wymiany gazowej. U bardziej zaawansowanych ewolucyjnie gatunków płuca podzielone są na komory poprzez kilka dużych przegród. Wentylacja płuca zachodzi natomiast dzięki skurczom mięśni międzyżebrowych, gdyż jaszczurki nie mają przepony. U niektórych gatunków jedynie wyższa część płuca zapewnia wymianę gazową, kiedy to dolna spełnia role worków powietrznych występujących u ptaków. Niektóre gatunki potrafią też na pewien czas wykorzystać mechanizm oddychania beztlenowego.
Układ nerwowy Jaszczurki mają typowy dla gadów mózg o bardziej rozwiniętej korze mózgowej i móżdżku w stosunku do płazów. Jego waga nie przekracza jednak 1% masy ciała. Mają 12 par nerwów czaszkowych. Rdzeń kręgowy w odróżnieniu od ssaków rozciąga się aż do końcówki ogona.
Systematyka Tradycyjnie jaszczurki klasyfikowane są w randze podrzędu Lacertilia. Nie jest to jednak klasyfikacja powszechnie akceptowana. Istnieją tendencje do podziału grupy według linii ewolucyjnych.