Sala I – neolit (7000-3500 p.n.e.) i okres przedpałacowy. Sala II – okres starszych pałaców (1900-1800 p.n.e.). Sala III – okres starszych pałaców i pałac w Fajstos (1900-1700 p.n.e.). Sala IV – okres młodszych pałaców (1700-1450 p.n.e.) oraz pałace w Knossos, Fajstos i Malii. Sala V – pałac w Knossos (1500-1450 p.n.e.). Sala VI – nekropolie w Knossos, Fajstos i Malii (1450-1300 p.n.e.). Sala VII – wille i domy w Vathypetro, Nirou, Tylissos i Amnissos, Arkalochori, Psychro i Patsos oraz nekropolie w Malii, Molchos, Gourni i Episkopi (1700-1450 p.n.e.). Sala VIII – pałac w Kato Zakros (1700-1450 p.n.e.). Sala IX – okres nowych pałaców we wschodniej Krecie; Palaiokastro, Psira, Gournia, Piskokephalo, Mochlos i Myrtos. Sala X – okres popałacowy (1450-1100 p.n.e.). Sala XI – okresy: subminojski, protogeometryczny i wczesnogeometryczny (1100-800 p.n.e.). Sala XII – okresy: wysokogeometryczny i orientalistyczny (800-650 p.n.e.). Sala XIII – sarkofagi minojskie. Sala XIV – freski minojskie. Sala XV – freski minojskie. Sala XVI – freski minojskie. Sala XVII – zbiory Giamalakis (Jiamalaki). Sala XVIII – drobne wyroby z okresów: archaicznego, klasycznego i rzymskiego (VII-IV w. p.n.e.). Sala XIX – rzeźba (650-550 p.n.e.). Sala XX – gliptyka z okresów: klasycznego, hellenistycznego i rzymskiego (V-IV w.