Działania niepożądane Często: bóle i zawroty głowy biegunka bóle brzucha nudności, wymioty zaparcie wzdęcie Mniej często: złe samopoczucie parestezje zaburzenia snu zaburzenia równowagi reakcje alergiczne zwiększona aktywność enzymów wątrobowych Rzadko: splątanie pobudzenie omamy depresja suchość błon śluzowych zapalenie przewodu pokarmowego nadwrażliwość na światło rumień wielopostaciowy wypadanie włosów bóle mięśni i stawów zapalenie wątroby niewydolność wątroby ginekomastia małopłytkowość leukopenia agranulocytoza pancytopenia Bardzo rzadko: zespół Stevensa-Johnsona martwica toksyczna rozpływna naskórka
Przypuszcza się, że niektóre z niepożądanych efektów ubocznych (np. ból brzucha, zawroty głowy, trudności w oddychaniu, napięcie i kurcze mięśni) mogą być spowodowane wtórnym niedoborem karnityny, będącym efektem inhibicji przez omeprazol transportera karnityny OCTN2.