Został pierwszym indiańskim prezydentem Boliwii, uważającym się za spadkobiercę prekolumbijskich tradycji i władców swego kraju (przemawia w języku ajmara, uczestniczy w tradycyjnych ceremoniach, ubiera się w swetry z wełny alpaki). Był zarazem dopiero drugim prezydentem w Ameryce Łacińskiej wywodzącym się z rdzennej ludności (po Benito Juárezie).
Morales mógł ubiegać się o kolejną kadencję, dzięki wprowadzeniu zmian do konstytucji, zaaprobowanych przez obywateli w referendum w styczniu 2009, tj. zniesienia konstytucyjnego ograniczenia kadencji prezydenckich do jednej, umożliwiając sobie walkę o reelekcję. W wyborach prezydenckich w grudniu 2009 uzyskał reelekcję na stanowisku prezydenta, zdobywając 64,22% głosów poparcia. Zgodnie z orzeczeniem Sądu Najwyższego, pierwsza kadencja Moralesa nie wliczała się do limitu dwóch kadencji, gdyż dopiero w jej trakcie zmieniono konstytucję, co umożliwiło mu start w wyborach po raz trzeci. Na trzecią kadencję został wybrany 14 października 2015 otrzymując ponad 60% głosów.