Dorobek Dorobek naukowy prof. J. Trąbki obejmuje ponad 500 prac z zakresu neurologii, neurofizjologii, neurofarmakologii, informatyki medycznej i neurocybernetyki, w tym 15 pozycji książkowych. Prof. J. Trąbka był również redaktorem podręczników akademickich. W 2006 roku otrzymał Złoty Medal Polskiego Towarzystwa Neurofizjologii Klinicznej..
Kontrowersje Prof. Trąbka łączył cybernetykę jako naukę z filozoficznymi rozważaniami z zakresu swoiście rozumianej gnozy, niemającymi, ani nie szukającymi poparcia naukowego, a także teorią chaosu, co zaowocowało wieloma pracami, w tym między innymi książką „Neurocybernetyka” (1994).
Prof. Jan Trąbka w swych pracach Gnoza a nauki neurologiczne (1997) i Gnoza znaczy wiedza (1998) wprowadził pojęcie swoiście rozumianej gnozy. Etymologicznie rozumiana gnoza nie jest tu elementem religijnego prądu – gnostycyzmem, jak i nie jest pragmatyczną nauką – gnoseologią. Źródło swe czerpie natomiast z presokratycznej filozofii greckiej, gdzie „gnosis” było intuicyjną wiedzą o świecie, wiedzą jeszcze niepodaną logiczno-rozumowej obróbce. Prof. J. Trąbka uznaje gnozę za podstawowy aspekt ludzkiej egzystencji, który rzadko bywa podejmowany w rozważaniach naukowych, a jeśli już jest badany, to niezbyt trafnie traktuje się go jako pochodną racjonalnego porządkowania wiedzy o świecie, czyli tzw.