Manhattan umownie dzieli się na trzy części: (tzw. Dolny Manhattan), (Środkowy) i (Górny) z Piątą Aleją stanowiącą granicę pomiędzy częścią wschodnią () a zachodnią (). (nazywany także „”) nie obejmuje sąsiadującego na północy Harlemu oraz jeszcze dalej usytuowanych Washington Heights.
W dniu 11 września 2001 roku Manhattan był miejscem ataku terrorystycznego na World Trade Center, dokonanego przez Al-Kaidę.
Geografia Manhattan jest wyspą o długości 21,6 km i szerokości (w najszerszym miejscu) 3,7 km. Jego powierzchnia wynosi ok. 58,8 km². Od zachodniej strony opływa go rzeka Hudson, od wschodniej cieśnina zwana East River. Na północy inna cieśnina zwana Harlem River dzieli częściowo Manhattan od dzielnicy Bronx (jedynej dzielnicy Nowego Jorku całkowicie leżącej na kontynencie). Na południe od Manhattanu położona jest Zatoka Nowojorska (). Drobna cząstka (0,3 km²) dzielnicy Manhattan o nazwie Marble Hill znajduje się po północnej stronie harlemskiej cieśniny, czyli poza wyspą i już na kontynencie.