Majątek Miecze został rozparcelowany w ramach reformy rolnej z 1925. Stefan Biskupski zamieszkał z rodziną w Warszawie i wstąpił na służbę państwową. Jako inspektor organizacji gospodarstw pracował w Ministerstwie Rolnictwa i Reform Rolnych, a następnie jako radca w Najwyższej Izbie Kontroli.
Po II wojnie światowej Stefan Biskupski zamieszkał z rodziną w Sopocie. Zajmował się problematyką zagospodarowania Ziem Odzyskanych, zwłaszcza badaniem możliwości osuszenia Zalewu Wiślanego.
Zmarł w Sopocie 1 czerwca 1958.
Pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 79-6-29/30/31).
Rodzina Stefan Biskupski poślubił w 1910 Helenę Prostwiłł-Boryssowicz herbu Dryja (1889-1990), corkę powstańca styczniowego, znanego lekarza ginekologa, Teodora Prostwiłł-Boryssowicza.
Mieli troje dzieci:
Janinę Padlewską (1911-2008), Jerzego Biskupskiego (1915-1916), Sławomira Biskupskiego (1921-1944), kaprala-podchorążego AK, żołnierza pułku „Baszta”, poległego w Powstaniu Warszawskim.