Kariera klubowa Olympique Marsylia Barthez zadebiutował w Ligue 1 w barwach Toulouse FC 21 września 1991 w meczu wyjazdowym z AS Nancy, który zakończył się remisem (1:1). Po udanym sezonie 1991/92 został zauważony przez działaczy Olympique Marsylia, z którymi wkrótce podpisał kontrakt. Już w pierwszym sezonie w Marsylii Barthez zdobył pierwsze rozgrywki w swojej karierze: Liga MistrzówKalendarium Bartheza. i Ligue 1. Dzięki zwycięstwu w Lidze Mistrzów w 1993 roku został wtedy najmłodszym bramkarzem, który zdobył to trofeum (21 lat, 10 miesięcy i 28 dni). Był nim do 2000 roku, kiedy Iker Casillas zdobył z Realem Madryt Ligę Mistrzów mając 19 lat i 4 dni.
AS Monaco W 1995 roku Barthez przeniósł się do AS Monaco, w którym grał do 2000 roku. Podczas pobytu w Monako wygrał z Czerwono-Białymi ligę francuską w 1997 i 2000 roku oraz triumfował w Superpucharze Francji w 1997 roku.