22 lutego 1862 r. oficjalnie złożył na ręce ministra wojny gen. Milutina własny projekt reformy wojskowej, postulujący m.in. zniesienie kar cielesnych w armii. W lipcu 1862 r. wyjechał do Francji z zadaniem kontynuowania swoich prac nad wojskowym więziennictwem i jednostkami karnymi. Powierzoną mu misję wykorzystał również do spotkań z polskimi politykami emigracyjnymi. W drodze powrotnej spotkał się z Giuseppe Garibaldim oraz z Hercenem i Bakuninem. Do Petersburga powrócił pod koniec 1862 r.
W 1863 r., po wybuchu powstania z ramienia Rządu Narodowego, został naczelnikiem wojennym województwa kowieńskiego. Dowodził 2500-osobowym oddziałem, operującym na Żmudzi, który zorganizował się w lasach pod Rogowem i tamże 6 kwietnia 1863 r. stoczył pierwszą potyczkę. Po połączeniu z oddziałami księdza Antoniego Mackiewicza i Bolesława Kołyszki 21 kwietnia 1863 r. pokonał wojska rosyjskie w bitwie pod Ginietyniami. 3 maja wyruszył ze swoim źle uzbrojonym oddziałem w kierunku Kurlandii, gdzie zamierzał przejąć transport broni dostarczany z Wielkiej Brytanii przez Teofila ŁapińskiegoDesant gen. Teofila Łapińskiego.. W dniach 7 maja – 9 maja stoczył trzydniową bitwę pod Birżami, zakończoną rozbiciem jego oddziału przez fiński pułk lejbgwardii gen. Jana Ganeckiego. Ciężko ranny, dostał się do rosyjskiej niewoli.