Oprócz tego König, w porozumieniu z ośrodkiem w Gross Born, prowadził rozliczne pseudoeksperymenty medyczne. Przykładowo zajmował się ciężarnymi więźniarkami, u których wywoływał poronienia, zabijając potem ich dzieci. Koordynował także eksperymenty medyczne z użyciem nowych lekarstw, testowaniem nowych szczepów chorób zakaźnych czy oddziaływania promieniowania na organizm ludzki. Doskonalił również w zbrodniczy sposób swoją wiedzę chirurgiczną, pragnąc nauczyć się zwłaszcza wszelkiego rodzaju amputacji. Przykładowo amputował ofiarom palce, mimo że schorzenie wymagało ledwie małego nacięcia. Ofiary pseudoeksperymentów Königa mordowano następnie najczęściej w komorach gazowych.
Oprócz służby w Auschwitz pełnił również funkcję lekarza obozowego w Mittelbau-Dora i Neuengamme. O powojennych losach König długo nie było nic wiadomo, niektórzy przypuszczali, iż dostał się do radzieckiej niewoli, a następnie współpracował z ZSRR, który chciał wykorzystać jego wiedzę zdobytą podczas zbrodniczych badań prowadzonych w Groß Born i Auschwitz. Jednakże Ernst Klee udokumentował, że König po wojnie mieszkał we wsi Holtorf w Dolnej Saksonii, gdzie pracował jako lekarz posługując się fałszywym nazwiskiem Ernst Peltz. W 1959 został wezwany do wyjaśnienia zarzutów, że nie ma ukończonej medycyny.