Większość europejskich bocianów czarnych zimuje w Afryce. Te z zachodniej Europy i Niemiec kierują się na południe przez Półwysep Iberyjski, pozostałe zaś przez Turcję i Lewant. Ptaki wędrujące przez Hiszpanię swe zimowiska mają w dorzeczu Falémé – we wschodnim Senegalu, Gwinei, południowej Mauretanii, Wybrzeżu Kości Słoniowej, Sierra Leone, zachodnim i centralnym Mali. Bociany wędrujące przez Synaj zimują w północnej Etiopii, dorzeczu Kotto (dopływ Ubangi) w obrębie Republiki Środkowoafrykańskiej oraz w dorzeczu Mbomou na terenie Czadu i północno-wschodniej Nigerii. Zimowiska ptaków gniazdujących w zachodniej Azji znajdują się w północnych i północno-wschodnich Indiach (głównie od Pendżabu po stan Karnataka) oraz w Afryce. Niekiedy odnotowywane są na Cejlonie. Osobniki lęgnące się we wschodniej Rosji i w Chinach zimują na ogół w południowych Chinach, rzadziej w Hongkongu, Mjanmie, północnej Tajlandii i Laosie. Pierwsze stwierdzenie w Mjanmie miało miejsce w 1998.