Po powrocie do II ligi klub przez kolejne sezony rywalizował na trzecim poziomie rozgrywkowym. W sezonie 2025/2026 GKS Jastrzębie zmagał się z problemami organizacyjnymi i finansowymi po wycofaniu się sponsora strategicznego Jastrzębskiej Spółki Węglowej na przełomie stycznia i lutego 2025 roku. Po 24 kolejkach drużyna zajmowała ostatnie miejsce w tabeli II ligi, mając na koncie zaledwie sześć punktów. 24 marca klub poinformował o rezygnacji z wyjazdu na spotkanie z Chojniczanką Chojnice, a dzień później podjął decyzję o wycofaniu pierwszego zespołu z rozgrywek Betclic 2. ligi oraz zespołu rezerw z V ligi śląskiej. Powodem była przede wszystkim trudna sytuacja finansowa oraz brak realnych perspektyw na zapewnienie stabilnego finansowania działalności klubu.