proponowany przez niego na następcę Rudolf Krause nie zyskał poparcia kolegów partyjnych. W 1995 Schönhuber wystąpił z partii i nawiązał bliższą współpracę z Niemiecką Unią Ludową (Deutsche Volksunion), kierowaną przez Gerharda Freya; z ramienia tej partii kandydował bez powodzenia w wyborach do Bundestagu w 1998. Publikował na łamach organu Niemieckiej Unii Ludowej „National Zeitung” oraz w prawicowym piśmie „Nation und Europa”.

We wrześniu 2005 został zgłoszony przez Narodowodemokratyczną Partię Niemiec (współpracującą z Niemiecką Unią Ludową) jako kandydat w wyborach do Bundestagu w Dreźnie; zajął na liście wyborczej miejsce zmarłej nagle Kerstin Lorenz i uzyskał poparcie 2,42% wyborców, co nie wystarczyło do zdobycia mandatu. Zmarł dwa miesiące później w wieku 82 lat, w wyniku komplikacji pogrypowych.

Poza autobiografią Ich war dabei opublikował kilkanaście książek, m.in. Freunde in der Not, Macht, Trotz allem Deutschland, Die Türken, In Acht und Bann, Die verbogene Gesellschaft, Le Pen – Der Rebell, Woher? Wohin? Europas