W 1991 roku z przedsiębiorstwa państwowego, decyzją uchwały Rady Miasta, MPK stało się zakładem budżetowym gminy jako Miejski Zakład Komunikacji. W 1995 roku liczba pasażerów wynosiła 114,4 mln, a w 1999 roku zmalała do 93,1 mln, co było spowodowane wzrostem liczby prywatnych samochodów. Jednocześnie zatrudnienie zostało ograniczone do 1025 pracowników.
W 1992 roku uruchomiono nowoczesną myjnię autobusową. Rok później kupiono 5 autobusów przegubowych Ikarus 435.05C. W 1994 roku ujednolicono tabor tramwajowy, wycofując z użytku przestarzałe modele. W 1995 roku zakupiono 13 kolejnych autobusów Ikarus 415.14A oraz 415.14E, a rok później gmina zakupiła i przekazała MZK 17 autobusów przegubowych Ikarus 280.70E i 12 autobusów niskopodłogowych Ikarus 412.08A. Ogółem przeznaczono na ten cel sumę 12,3 mln zł.
XXI wiek Z dniem 1 kwietnia 2002, na podstawie uchwały Rady Miasta nr 262/XXIII/2000 z dnia 28 marca 2000 roku, w stan likwidacji (bez zawieszania usług) postawiono Miejski Zakład Komunikacji. W jego miejsce utworzono jednoosobową spółkę Gminy Częstochowa o nazwie Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne w Częstochowie sp. z o.o., która z dniem 1 lipca 2000 roku przejęła cały majątek i załogę likwidowanego zakładu.