Historia rozwoju tutejszych ziem była związana z ważnym strategicznie szlakiem handlowym Via Maris, który łączył Afrykę Północną z krajami Lewantu na północy. Szlak ten łączył Galileę z Damaszkiem, i przebiegał około 200 m na północ od miasta. W Kafarnaum ulokowany był urząd celny (celnikiem był Mateusz) oraz niewielki garnizon rzymski. Kafarnaum było niewielką osadą, która zajmowała teren na przestrzeni około 500 m linii brzegowej jeziora. Pod panowaniem rzymskim miejscowość szybko rozrosła się do rozmiarów miasta, które rozciągnęło się na długości 3 km wzdłuż brzegów jeziora, w kierunku Tabgi. Żydowski historyk Józef Flawiusz, mówiąc o Tabdze w swym dziele zatytułowanym Wojna Żydowska (III, 10, 8) nazywa ją „Źródłami Kafarnaum”. W samym Kafarnaum przebywał lecząc ranę po upadku z konia, o czym wspomina w Życiu Józefa Flawiusza (72). W pobliżu rzymskiego mauzoleum odkryto kamień milowy z czasów Hadriana z napisem: Imperator Cezar Trajan Hadrian August, syn Trajana, wnuk boskiego Nerwy. Stanowi potwierdzenie, że dużą rolę w rozwoju miasta odgrywał tutejszy szlak handlowy wiodący z Galilei do Damaszku.
thumb|left|Uzdrowienie trędowatego w Kafarnaum – obraz Jamesa Tissot