Mimo to wskutek dyskwalifikacji Michaela Schumachera za incydent w Grand Prix Europy w klasyfikacji końcowej sezonu wśród kierowców Frentzen zajął drugie miejsce. W sezonie 1998 nastąpił regres formy zespołu i Frentzen przed sezonem 1999 przeszedł do zespołu Jordan. W sezonie 1999 wygrał dwa wyścigi i miał realne szanse na zdobycie tytułu mistrza świata, a sezon ostatecznie zakończył na trzeciej pozycji w klasyfikacji kierowców i został uznany za objawienie sezonu. W sezonie 2000 wskutek dużej awaryjności samochodu zdobył tylko 11 punktów. W połowie sezonu 2001 stracił pracę w zespole Jordan, po czym przeniósł się do zespołu Prost. Rok później startował w zespole Arrows, a podczas Grand Prix Stanów Zjednoczonych wrócił do zespołu Sauber. W Sauberze ścigał się także w sezonie 2003, zdobywając podium w swoim przedostatnim wyścigu.
Pod koniec 2003 roku ogłosił zakończenie startów w Formule 1. W latach 2004–2006 ścigał się bez większych sukcesów w serii DTM samochodami Opel i Audi. W 2008 roku zadebiutował w serii Speedcar. W 2010 roku ogłosił zakończenie kariery kierowcy wyścigowego, ale mimo to w latach 2011–2012 i 2014 uczestniczył w wyścigowej serii ADAC GT Masters.