Po 3-letniej przerwie zagrał w innym historycznym filmie Rebeliant, w którym zagrał historyczną postać Mangala Pandeya, bohatera powstania sipajów z 1857 roku. Jego kolejny film, Kolor szafranu (2006), został wybrany jako oficjalny indyjski kandydat do Oscara.
W tym samym roku zagrał też w filmie Unicestwienie razem z gwiazdą kina bollywoodzkiego, aktorką Kajol. Znaczna część filmu została nakręcona w polskich Tatrach, które zastępowały góry Kaszmiru, gdzie kręcenie filmu byłoby zbyt ryzykowne ze względu na zagrożenie terrorystyczne.
W 2007 roku Aamir Khan wyprodukował Gwiazdy na ziemi, które stały się również jego reżyserskim debiutem. Wystąpił w nim w podwójnej roli: reżysera i aktora. Historia dyslektycznego dziecka i jego nauczyciela zdobyła Nagrodę Filmfare dla Najlepszego Filmu, a sam Aamir Khan otrzymał Nagrodę Filmfare dla Najlepszego Reżysera.