Latem 2000 roku podpisał kontrakt z Troyes AC, w którym zadebiutował w rozgrywkach Ligue 1, a także w Pucharze UEFA. W ekipie prowadzonej przez Alaina Perrina francuski zawodnik bez problemów wywalczył sobie miejsce w wyjściowym składzie. W linii pomocy występował między innymi u boku takich zawodników jak Szwajcar Fabio Celestini i Algierczyk Rafik Saïfi. W Troyes Jérôme grał jednak tylko przez półtora sezonu. W czasie pobytu na Stade de l’Aube rozegrał 46 spotkań, w których cztery razy wpisał się na listę strzelców.
W zimowym okienku transferowym sezonu 2001/2002 przeszedł do broniącego się przed spadkiem do drugiej ligi AS Monaco. Zespół z Księstwa zdołał utrzymać się w najwyższej klasie rozgrywek w kraju, a w kolejnych sezonach radził już sobie znacznie lepiej. W rozgrywkach 2002/2003 wywalczył wicemistrzostwo Francji oraz zdobył Puchar Ligi Francuskiej, a w sezonie 2003/2004 zajął w ligowej tabeli trzecie miejsce. Rothen w trakcie pobytu w Monako grał w pomocy z takimi piłkarzami jak Ludovic Giuly, Lucas Bernardi, Andreas Zikos i Jaroslav Plašil. Zagrał w finale Ligi Mistrzów, gdzie AS Monaco przegrało z FC Porto (pierwsze trofeum Jose Mourinho).