Kościół ten jest związkiem religijnym opartym na demokracji. Deklaruje daleko posuniętą tolerancję i sprzeciw wobec rasizmu, nazizmu i szerzenia nietolerancji wobec ludzi o innej religii, odmiennym pochodzeniu czy narodowości. Stanowiska w nim są kadencyjne i obejmowane w drodze wyborów. Członkowie są zwolnieni od składek członkowskich. W 2021 r. do związku należało 2723 członków, posiadających członkostwo pełne i uznaniowe, w tym 19 starszych zebranych w 22 miejscach kultu.
Od 6 września 2025 r. w skład Rady RKP wchodzą:
Ofiarnik Generalny (członek stały Rady RKP) - Jarosław Kędzierski; Sekretarz Generalny (członek stały Rady RKP) - Jan Gosiewski; Skarbnik (członek stały Rady RKP) - Magdalena Błażejewska; Członek Rady Rodzimego Kościoła Polskiego (I członek wspierający) - Monika Sidorska; Członek Rady Rodzimego Kościoła Polskiego (II członek wspierający) – Karol Michalak.