Podjął także pierwsze kroki w celu zniesienia niewolnictwa, które zostało ostatecznie zniesione dopiero w 1888 na mocy edyktu, który podpisała podczas jego nieobecności jego córka Izabela. Liberalizm cesarza wywołał jednak konflikt z bardziej konserwatywną częścią brazylijskiego społeczeństwa. W tym samym czasie bardziej radykalni liberałowie byli niezadowoleni z niezbyt zdecydowanych działań cesarza w celu zmodernizowania kraju. Mimo tego, że Piotr był bardzo lubiany przez swój naród, został zmuszony do ustąpienia z tronu przez juntę wojskową 15 listopada 1889 i wraz z rodziną udał się na wygnanie.
Zmarł 5 grudnia 1891 w Paryżu. W 1922 jego prochy oraz prochy żony zostały sprowadzone do Brazylii. W 1939 umieszczono je w katedrze św. Piotra z Alcantary w Petrópolis, byłej letniej rezydencji cesarza.