Chromatyna może występować w dwóch postaciach. Euchromatyna to mniej skondensowana forma DNA, zawierająca geny, które są częściej transkrybowane przez komórkę. Heterochromatyna to postać skondensowana, zawierająca geny transkrybowane rzadziej. Heterochromatyna dzielona jest dalej na fakultatywną heterochromatynę, zawierającą geny zorganizowane w postaci heterochromatyny jedynie w pewnych typach komórek bądź na pewnych etapach rozwoju oraz konstytutywną heterochromatynę, która tworzy elementy strukturalne chromosomu, jak centromery lub telomery. Podczas interfazy chromatyna organizuje się w oddzielne, pojedyncze płaty, zwane obszarami chromosomowymi. Aktywne geny, znajdujące się zwykle w euchromatycznym rejonie chromosomu, wykazują zwykle tendencję do znajdowania się przy granicy takiego obszaru.
Przeciwciała skierowane przeciwko pewnym formom organizacji chromatyny, szczególnie przeciwko nukleosomom, odpowiedzialne są za szereg chorób autoimmunologicznych, takich jak toczeń rumieniowaty układowy. Są one znane jako przeciwciała przeciwjądrowe (ANA, anti-nuclear antibodies) i mają udział także w powstawaniu stwardnienia rozsianego, jako część ogólnego zaburzenia działania układu immunologicznego.