Wiele zarzutów stawianych Janowi Pawłowi II jest powtórzeniem zarzutów padających wobec jego poprzedników, zwłaszcza Pawła VIDwubiegunowość krytyki stosowanej wobec pontyfikatów Jana Pawła II oraz Pawła VI, a także powtarzalność stawianych im zarzutów, warto prześledzić na przykładzie polemiki wywołanej wydaniem Mszału Rzymskiego i realizacją koncepcji Soboru (zwłaszcza ekumenicznych i liturgicznych), a także opublikowaniem encykliki Humanae vitae. Czytelnym przykładem, jest również fakt, że Karol Wojtyła przybrał imię Paweł by podkreślić chęć kontynuacji założeń pontyfikatu Pawła VI..
Administracja Pontyfikat Jana Pawła II charakteryzował się, zdaniem krytykujących go, absolutyzacją i scentralizowaniem władzy, a więc odejściem od linii wyznaczonej przez Sobór watykański II, a także odejściem od zasady kolegialności podczas podejmowania decyzji.
Janowi Pawłowi II zarzucano też zbytnie uproszczenie i obniżenie standardu procedur beatyfikacji i kanonizacji, prowadzące do „inflacji błogosławionych i świętych” (Joseph Ratzinger). Krytykę wzbudziły beatyfikacja Piusa IX i ogłoszenie sługą Bożym Piusa XII.