W 1977 rozpoczął współpracę z kabaretem literackim „Piwnica pod Baranami” w Krakowie. Pod wpływem Zygmunta Koniecznego zaczął pisać muzykę do „piosenek artystycznych”. Po sukcesach w Piwnicy rozpoczął współpracę ze Starym Teatrem w Krakowie, a później przyszedł czas pierwszych kompozycji filmowych. W 1982 roku pracował nad Prognozą pogody razem z Antonim Krauzem, dzięki któremu poznał Krzysztofa Kieślowskiego. Film Bez końca zapoczątkował stałą współpracę z Kieślowskim. Razem ze scenarzystą Krzysztofem Piesiewiczem stworzyli telewizyjny cykl Dekalog (1988), Podwójne życie Weroniki (1991) oraz trylogię Trzy kolory (1993–1994). W części IX „Dekalogu”, „Trzech Kolorach – Niebieskim” i „Czerwonym”, oraz w „Podwójnym życiu Weroniki” można usłyszeć Elżbietę Towarnicką, której sopran brzmi na 12 płytach Preisnera. Śmierć Kieślowskiego (1996) uniemożliwiła realizację ich drugiego tryptyku: Niebo, Czyściec, Piekło. Dwukrotnie część swoich kompozycji do filmów Kieślowskiego Preisner podpisał pseudonimem – nazwiskiem fikcyjnego holenderskiego kompozytora Van den Budenmayera.