Koncept dokowania molekularnego Metoda dokowania molekularnego była już rozpowszechniona w latach 80 XX w. i przyświecał jej cel odkrywania nowych leków in silico,, czyli za pomocą obliczeń komputera, w myśl nurtu racjonalnego projektowania leków. Głównym zadaniem było skrócenie czasu produkcji nowych leków, określania ich powinowactwa oraz zdobycie wiedzy na temat potencjalnych modyfikacji leków w celu poprawy ich działania. Początkowo cały proces wiązania się ligandu z białkiem był traktowany jako struktura sztywna – zarówno ligand, jak i białko nie przybierało różnych konformacji podczas dokowania. Opierał się on na ówczesnym modelu działania enzymów na zasadzie dopasowania klucza do zamka. Wraz ze wzrostem mocy obliczeniowej komputerów zaczęto zastanawiać się nad ulepszeniem tej metody. Nowy koncept działania enzymów opierający się na zasadzie indukowanego dopasowania, traktujący wszystkie procesy zachodzące w organizmie jako procesy dynamiczne, poskutkował modyfikacją metody dokowania. Na początku ligand zaczął przyjmować różne ułożenia w przestrzeni dzięki obrotom cząsteczki wokół wiązań rotujących w celu minimalizacji swojej energii. Następnie również aminokwasy znajdujące się w miejscu wiążącym, odpowiedzialne za interakcje z ligandem, zaczęły przyjmować różne konformacje.