Po zajęciu Lwowa przez Armię Czerwoną zakład Bujaka przejęły Zakłady Topograficzne Sztabu Generalnego Armii Radzieckiej, prof. Bodnar był tu kierownikiem Działu Optyki. Brał udział w budowie koordynatora kartograficznego oraz prototypu niwelatora. Prowadził również zajęcia w Katedrze Fizyki oraz wykłady z optyki Wydziale Inżynieryjnym Politechniki Lwowskiej.
9 października 1945 r. zawarł ślub z sekretarką rektora Politechniki Lwowskiej, Zofią Marią Kossowską, a w lipcu 1946 r. przybył z transportem repatriacyjnym Politechniki Lwowskiej najpierw na krótko do Gliwic, a następnie do Jeleniej Góry. Tam 3 sierpnia 1946 r. rozpoczął pracę w Jeleniogórskich Zakładach Optycznych (wtedy Państwowej Wytwórni Optycznej). Równocześnie był związany z Politechniką Wrocławską. W latach 1949–1951 wykładał w Katedrze Fototechniki (u prof. Witolda Romera), w latach 1951–1953 był zastępcą profesora w Katedrze Fizyki, a od 1953 r. kierownikiem wydzielonej Katedry Fizyki oraz kierownikiem Zakładu Optyki Precyzyjnej. Od 1964 r. profesor Katedry Fizyki Politechniki Wrocławskiej. W 1968 r. powstał Instytut Fizyki Technicznej, którego dyrektorem został Zygmunt Bodnar, będący jednocześnie kierownikiem Katedry Optyki Stosowanej. W 1972 r. został profesorem zwyczajnym, a w 1977 r. przeszedł na emeryturę.