Montfort wzmocnił też fortyfikacje, a Carcassonne stało się twierdzą graniczną między Francją i Aragonią.

W 1240 syn Trencavela wielokrotnie próbował, bezskutecznie, odbić domenę rodu. W 1247 miasto poddało się rządom królestwa francuskiego i Ludwik IX ufundował nową część miasta po drugiej stronie rzeki Aude. On i jego następca, Filip III, zbudowali zewnętrzne wały obronne. Według opinii współczesnych twierdza była nie do zdobycia.

Podczas wojny stuletniej, w 1355, Czarnemu Księciu (Edwardowi) nie udało się zdobyć Carcassonne, chociaż jego piechota zniszczyła dolne miasto. W 1659, zgodnie z zapisem pokoju pirenejskiego, Roussillon, zaanektowane przez Francję, stało się jej prowincją. Odtąd znaczenie militarne Carcassonne zmalało, o fortyfikacje przestano dbać, a miasto stało się głównie ośrodkiem wymiany handlowej i produkcji tekstyliów.