Przygotował program wyborczy dla koalicji prawicowych ugrupowań, które startowały w wyborach samorządowych w Bydgoszczy w 1994 r. – pod szyldem: „Przymierze dla Bydgoszczy”. Program ten zawierał m.in. postulat upowszechnienia własności poprzez sprzedaż lokali komunalnych ich najemcom za 10% wartości. „Przymierze” wygrało wybory i objęło rządy w mieście, a Wojciech Nowacki zyskał mandat radnego. Przez rok pełnił też funkcję członka zarządu miasta.
W 1996 r. zmienił przynależność partyjną. Został członkiem, a następnie prezesem okręgu kujawsko-pomorskiego Unii Polityki Realnej. Bez sukcesu kandydował do rady miasta w wyborach samorządowych w 1998 r.
Mandat radnego zdobył w kolejnych wyborach komunalnych w Bydgoszczy w 2002 r. (z list Prawa i Sprawiedliwości startowali wówczas do rady miasta przedstawiciele różnych ugrupowań poza PO i SLD). W następnych wyborach samorządowych w 2006 r. ponownie zdobył mandat radnego. W grudniu 2006 r. zrezygnował z pełnienia mandatu, żeby objąć funkcję wiceprezydenta Bydgoszczy. Wtedy też wystąpił z UPR, gdyż uznał, że powinien należeć do partii, która go rekomendowała na to stanowisko, czyli do Prawa i Sprawiedliwości. W 2009 r. wstąpił do „Klubu Konstantego Dombrowicza”- ówczesnego prezydenta Bydgoszczy.