W 1918 z jego inicjatywy powstała Żydowska Rada Narodowa, przekształcona później w Żydowską Samoobronę. W 1919 wyjechał do Paryża, gdzie był wiceprzewodniczącym osobnej delegacji żydowskiej na konferencję pokojową w Paryżu. W tym samym roku został wybrany posłem na Sejm Ustawodawczy. Tę funkcję pełnił przez następne kadencje, aż do śmierci. Przez wiele lat był przewodniczącym Koła Posłów Żydowskich. W 1925 za rządów Władysława Grabskiego zawarto tzw. ugodę polsko-żydowską, której współinicjatorem był właśnie Thon.
Ozjasz Thon zmarł 11 listopada 1936 w Krakowie. Został pochowany na nowym cmentarzu żydowskim przy ulicy Miodowej w Krakowie. Na ścianie domu przy ulicy Wojciecha Bogusławskiego 5, w którym mieszkał Thon znajduje się tablica pamiątkowa poświęcona jego osobie. W synagodze Tempel znajduje się jego portret.
Twórczość Ozjasz Thon był autorem książek z zakresu historii teorii ruchu syjonistycznego i artykułów pisanych w języku polskim, hebrajskim, jidysz czy niemieckim, głównie z zakresu filozofii i nauk społecznych, które publikował na łamach prasy żydowskiej.
W 1918 założył polskojęzyczną gazetę Nowy Dziennik, której współredaktorem był do końca życia.