W styczniu 2001 roku poinformowano, że twórcami serialu będą Rick Ungar i Avi Arad oraz, że serial nie będzie adaptacją komiksów o X-Menach. W marcu Joe Quesada zapowiedział, że powstanie komiks będący adaptacją serialu.

W kwietniu 20th Century Fox złożyło pozew do sądu o zbytnie podobieństwo serialu do X-Menów. Marvel tłumaczył, że postacie są nowe i nie mają z nimi związku. Sąd nie był przekonany do racji 20th Century Fox i postanowił nie wstrzymywać premiery serialu. W tym samym miesiącu poinformowano, że zdjęcia rozpoczną się w czerwcu w Toronto. W maju ujawniono, że serial początkowo miał nosić tytuł Genome X, a Arad w wywiadzie podkreślał, że serial nie jest spin-offem X-Menów. Poinformowano też, że Mutant X został zarezerwowany na 146 rynkach, co stanowi około 93% widzów w Stanach Zjednoczonych. Producentami wykonawczymi zostali: Arad i Ugar oraz Jay Firestone i Adam Haight. Howard Chaykin pełnił rolę głównego scenarzysty pierwszego sezonu. W drugim sezonie zastąpił go Peter Mohan, który również został producentem wykonawczym.