Pekińczyk był uważany za ucieleśnienie legendarnego pieska "Fu", który odpędzał złe duchy, czczony był przez Chińczyków jako półbóstwo, jego kradzież karana była śmiercią, a kiedy umierał cesarz, w ofierze składano także jego pekińczyki, tak by również w życiu pozagrobowym mogły chronić zmarłego władcę. Przez wiele wieków rasa była trzymana i hodowana wyłącznie w cesarskim pałacu, a mniejsze osobniki noszone były jako maskotki w dworskich rękawach. Ostatnią miłośniczką i hodowczynią pekińczyków była cesarzowa Cixi (zmarła w 1908 roku).
Pekińczyki pochodzą od azjatyckich wilków, a ich rasa – na podstawie analiz DNA – uznawana jest za jedną z najstarszych na świecie. Pekińczyki mają wspólne korzenie z shih tzu, długowłosym chihuahua, mopsem i papillonem.
Pekińczyki w Europie Pekińczyki pojawiły się w Europie ok. 1860 roku, kiedy oddziały brytyjskie zdobyły Pałac Letni w Pekinie podczas drugiej wojny opiumowej. Strażnikom cesarskim nakazano zabić wszystkie pekińczyki, by nie wpadły w ręce Brytyjczyków. Pięć sztuk (cztery suki i jeden pies) osobników tej rasy ocalono i trafiły one do Anglii. Jeden z nich, beżowo-biała suka, został podarowany przez porucznika Dunne'a królowej Wiktorii, która ochrzciła go imieniem Looty (Łup).