Zmarł 23 stycznia 2007 w wieku 74 lat, po rozległym zawale serca, na oddziale kardiochirurgii szpitala przy ul. Banacha w Warszawie. Jego śmierci poświęcone zostało dużo miejsca zarówno w polskich, jak i światowych mediach. Na pierwszych stronach swych wydań pisały o Kapuścińskim największe gazety, jak „New York Times”, „Le Monde” czy „El País”. Na ręce ambasadora RP w Hiszpanii kondolencje z powodu śmierci pisarza złożyli hiszpańska para królewska oraz książę Asturii. To cios dla polskiej literatury, dla polskiej kultury – tak o śmierci Ryszarda Kapuścińskiego mówił w rozmowie z dziennikarzami w tureckim Adampolu prezydent Lech Kaczyński.

Pogrzeb odbył się 31 stycznia 2007 w bazylice Świętego Krzyża w Warszawie. Mszy żałobnej przewodniczył prymas Polski kard. Józef Glemp. Mszę koncelebrowali m.in. kapelan Rodzin Katyńskich ks. prałat Zdzisław Peszkowski, kapelan prezydenta RP, ks. prałat Roman Indrzejczyk i ks. Adam Boniecki z „Tygodnika Powszechnego”. Homilię prymasa odczytał ksiądz Piotr Pawlukiewicz. Został pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A29-tuje-18).

Od 1952 roku jego żoną była lekarka pediatra Alicja Mielczarek (1933–2022). Mieli córkę Rene po mężu Maisner (ur.