Od 1 stycznia 2009 roku Instytut nosi imię Emanuela Ringelbluma i ma status państwowej instytucji kultury.
Historia Instytut został założony 1 października 1947 roku w wyniku przekształcenia Centralnej Żydowskiej Komisji Historycznej działającej przy Centralnym Komitecie Żydów Polskich w Żydowski Instytut Historyczny z siedzibą przy ul. Tłomackie 5, w odbudowanym gmachu przedwojennego Instytutu Nauk Judaistycznych i Głównej Biblioteki Judaistycznej. Budynek został wzniesiony w latach 1928–1936 według projektu Edwarda Ebera. Po zakończeniu wojny został gruntownie wyremontowany i w maju 1947 roku oddany w użytkowanie Instytutowi. Na podłodze głównej sali budynku do dziś widoczne są ślady pożaru z 16 maja 1943 roku, kiedy Niemcy podpalili gmach po wysadzeniu sąsiadującej z nim Wielkiej Synagogi. W 2016 roku posadzka przeszła specjalistyczną konserwację, a podczas prac remontowych w 2017 roku odkryto w stropie zwęglone elementy drewniane będące pozostałością po pożarze.
ŻIH był sukcesorem zbiorów Centralnej Żydowskiej Komisji Historycznej i Żydowskiego Towarzystwa Krzewienia Sztuk Pięknych.