W latach 90. pomimo utraty pozycji w Europie Steaua nadal pozostała dominującą siłą w futbolu rumuńskim zdobywając 6 razy z rzędu mistrzostwo w latach 1993–1998, grając również bardzo dobrze w rozgrywkach pucharowych.
Na początku XXI wieku sytuacja w lidze rumuńskiej nieco się wyrównała i Steaua znalazła godnych rywali w zespołach Dinama Bukareszt i Rapidu Bukareszt. Ostatnie mistrzostwo zespół Steauy zdobył w 2013 roku, zaś puchar krajowy w 2011. W sezonie 2005/2006 zespół dotarł do półfinału Pucharu UEFA, po drodze potykając się w ćwierćfinale z lokalnym rywalem Rapidem. Steaua po dwóch remisach (1:1 na boisku rywala i 0:0 u siebie) wyeliminowała Rapid, jednak w dwumeczu półfinałowym nie sprostała angielskiemu Middlesbrough F.C., przegrywając na wyjeździe 2:4 po domowym zwycięstwie 1:0. W następnym sezonie klub po kilkuletniej przerwie wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów.
Przez konflikt z rumuńską armią Steaua utraciła prawa do herbu, barw, a przede wszystkim do nazwy, stąd od 2017 roku klub występuje pod nazwą FCSB.
W 2024, po 9 latach przerwy od ostatniego tytułu i pierwszy raz pod nową nazwą, FCSB zdobyło 27.