Na początku XIX wieku szpital przekształcono w dom starców, a po dalszych stu latach, przed I wojną światową rozważano projekt wyburzenia szpitala wraz z kościołem w celu poszerzenia arterii wylotowej z miasta w kierunku południowo-zachodnim. Zamiar ten jednak porzucono, w 1907 okolice kościoła uporządkowano, a później odnowiono sam kościół. Oblężenie Festung Breslau na początku 1945 kościół, z uszkodzoną więźbą dachową i obramowaniami okien, przetrwał ze zniszczeniami szacowanymi po wojnie na około 20%. Prowadzący kronikę oblężenia ksiądz Paul Peikert, proboszcz pobliskiej parafii św. Maurycego, zanotował jego ostrzał i bombardowanie pod datami 8 lutego i potem 10 marca.
W latach 1946–1949 uszkodzenia naprawiono i kościół przekazano parafii św. Maurycego jako kościół pomocniczy.
Podczas „powodzi tysiąclecia” w 1997 kościół na 5 dni znalazł się pod wodą, pod koniec lat 90. XX w. został osuszony i odrestaurowanyN. Wójtowicz, Kostel Svatého Lazara ve Vratislavi, „REUNION” (Vydává Vojenský a špitálni řád sv. Lazara Jeruzalémského – Bohemia), ročnik XL, nr 1/2016, s. 11..
W 2001 roku kardynał Henryk Gulbinowicz ogłosił świątynię Sanktuarium Najświętszej Maryi Panny Uzdrowienia Chorych Sanktuarium NMP Uzdrowienia Chorych - kościół pw. św. Łazarza Agata Combik, Wrocławski Gość Niedzielny.